Oznaczenie w surowicy krwi anty-Toksoplasma IgM jest szczególnie istotne w diagnostyce toksoplazmozy u kobiet w wieku prokreacyjnym i w ciąży. Toxoplazma gondii (toksoplazma) jest pierwotniakiem, pasożytem obligatoryjnie wewnątrzkomórkowym, występującym u człowieka i wielu gatunków zwierząt stałocieplnych. Człowiek dla toksoplazmy jest żywicielem pośrednim. Do zarażenia pasożytem dochodzi: poprzez pożywienie – głównie niemyte warzywa i owoce, surowe lub niedogotowane mięso zarażonych zwierząt; przez przekazanie aktywnej formy pierwotniaka – tachyzoitów wewnątrzmacicznie od matki do płodu (zakażenie wertykalne); w wyniku transfuzji; w wyniku transplantacji organu od osoby zarażonej; lub w laboratorium, w wyniku kontaktu z materiałem zakaźnym. Choroba jest przykładem zarażenia oportunistycznego o zwykle łagodnym, bezobjawowym przebiegu. Jednak u osób o osłabionym układzie odpornościowym lub fizjologicznie niedojrzałym, jak w przypadku płodów i noworodków, zarażenie może mieć bardzo ciężki przebieg kliniczny. Poważnym problemem klinicznym są bezobjawowe zarażenia pierwotne u kobiet w ciąży (pierwsze zarażenie następujące w trakcie ciąży) lub w okresie okołokoncepcyjnym, mogące być przyczyną toksoplazmozy wrodzonej u dziecka. Przybiera ona postać ciężką, prowadzącą do: obumarcia płodu, samoistnego poronienia, przedwczesnego porodu, zajęcia narządów dziecka – zwłaszcza ośrodkowego układu nerwowego (co skutkuje wodogłowiem lub  niedorozwojem mózgu) lub łagodną, objawiającą się izolowanymi zmianami w ośrodkowym układzie nerwowym, skutkującymi opóźnieniami psychomotorycznymi oraz upośledzeniem wzroku. U większości dzieci z wrodzoną toksoplazmozą skutki choroby manifestują się po latach. Przeciwciała klasy IgM w przebiegu ostrej fazy zarażenia pojawiają się po tygodniu od wystąpienia objawów i utrzymują się zwykle do 4 miesięcy. Jednak na niskim, resztkowym poziomie, mogą być wykrywane nawet po kilku latach od pojawienia się (serokonwersji), co ogranicza ich przydatność w diagnostyce ostrej fazy choroby. Uznaje się, że badania serologiczne w kierunku toksoplazmy, zwłaszcza dotyczące IgM, nie powinny opierać się na jednorazowym pomiarze poziomu przeciwciał, lecz określać dynamikę ich zmian w czasie. Przy podejrzeniu zarażenia toksoplazmą poziom specyficznych przeciwciał należy oceniać co 1 –  2 tygodnie, przy czym odstępy zależą od stosowanej metody oznaczania. Badania powinny być wykonywane w tym samym laboratorium przy zastosowaniu tej samej metody. W przypadku badań przesiewowych u kobiet w ciąży wynik ujemny oznaczenia przeciwciał wyklucza pierwotne zarażenie. Zarażenie pierwotne należy podejrzewać w przypadku, gdy wynik dodatni oznaczenia przeciwciał IgM wyrażony jest wysoką wielkością liczbową, lub, gdy towarzyszy mu znaczący przyrost poziomu IgG. Dodatni wynik IgM nie wskazuje na zarażenie pierwotne, jeżeli towarzyszy mu niski, stabilny poziom IgG. Przeciwciała klasy IgM nie przechodzą przez łożysko, dlatego wykrycie ich w znacznym mianie w krwi pępowinowej może świadczyć o  zarażeniu wewnątrzmacicznym płodu. W przypadku patologii łożyska lub porodów chirurgicznych, może dochodzić do przejścia niewielkich ilości IgM do krążenia płodu i powodować mylne rozpoznanie. Patrz też: Toxoplazma IgG.