Przeciwciała przeciw endomysium są skierowane przeciw warstwie tkanki łącznej, która rozdziela poszczególne włókna mięśniowe ( endomysium ). Powstają podczas niszczenia tkanki śluzowej jelita w celiakii. Występują u prawie 100% pacjentów z aktywną postacią celiakii i u 70% pacjentów z opryszczkowym zapaleniem skóry.